La Conferencia está asistida por un Comité de Seguimiento que ejecuta sus orientaciones. Está compuesto por altos cargos, funcionarios y/o asimilados, de la administración de las Regiones Ultraperiféricas, debidamente designados por cada presidente, autorizados a representar a la región.
Cada región designa a un titular y a un miembro suplente. Actualmente los mismo son:
Azores
Miembro titular: Carlos Amaral – Director regional de asuntos europeos y cooperación exterior
Miembro suplente: Joao Lança – Coordinador de la Oficina de Azores en Bruselas
Miembro suplente: Maria João Machado – Directora regional de asuntos europeos
Miembro suplente: Ana Nunes – Dirección regional de asuntos europeos
Canarias
Miembro titular: Celia Alberto Pérez – Directora general de asuntos europeos
Miembro suplente: Julián Zafra Díaz – Jefe de la Unidad de asuntos europeos
Guadalupe
Miembro titular: Cassandre Gatoux – Representante de la Región de Guadalupe en Bruselas
Guayana
Miembro titular: Alice Colombo – Responsable de la Antena de la Colectividad Territorial de Guayana en Bruselas
Miembro suplente: Delphine Lasselin – Responsable de la Antena Hexagone de la Colectividad Territorial de Guyana
Madeira
Miembro titular: Fernanda Cardoso – Directora Regional de Asuntos Europeos y Cooperación Exterior
Miembro suplente: Sérgio Mendonça – Dirección de Servicios de Políticas de la Unión Europea y Asuntos de la ultraperiferia
Martinica
Miembro titular: Christèle Allaud – Representante de la Colectividad de Martinica ante la Unión Europea en Bruselas
Mayotte
Miembro titular: Mohamed MOINDJIE – Jefe de de la misión de partenariados institucionales
Miembro suplente: Moiyegue ZOUBERT – Encargada de relaciones exteriores
Miembro suplente:Tahamida IBRAHIM – Gabinete del Presidente, Asesora técnica
Reunión
Miembro titular: Candida Aldehuelo – Directora de proyectos
Miembro suplente: Jean-Marc Cassam Chenai – Director de proyectos
San Martín
Miembro titular: Rudya Lake – Responsable de asuntos europeos
Miembro suplente: Karine Bertaux – Responsable de asuntos auropeos
Las funciones del Comité son las siguientes:
La voluntad de cooperación entre las Regiones Ultraperiféricas de la UE, expresada a su máximo nivel en la Conferencia de Presidentes de las RUP, se manifiesta también en documentos como los Protocolos de Cooperación, los Memorandos y las Contribuciones Conjuntas.