La Comisión Europea, guardiana de los Tratados, es el órgano ejecutivo y de iniciativa legislativa de la Unión. Se encarga de proponer la legislación al Parlamento Europeo y al Consejo, de la aplicación de las decisiones y de la defensa de los Tratados de la Unión.
La Comisión ha establecido acciones en favor de las Regiones Ultraperiféricas a través de una serie de Comunicaciones sobre las mismas (2000, 2004, 2008, 2012 y 2017 ).
La última Comunicación, de 24 de octubre de 2017, titulada «Las regiones ultraperiféricas de la Unión Europea: hacia un nuevo enfoque», propone un nuevo planteamiento para abordar mejor las necesidades específicas de cada una de las nueve regiones ultraperiféricas. Animándolas a aprovechar sus activos únicos, la estrategia pretende ayudar a las regiones a crear nuevas oportunidades para sus ciudadanos, a estimular la competitividad y la innovación en sectores como la agricultura, la pesca o el turismo, a la vez que se intensifica la cooperación con los países vecinos. La nueva estrategia se basa en cuatro pilares:
Asimismo, la Comisión Europea ha revisado los avances realizados en la aplicación de la estrategia anterior que propugnaba la adopción de medidas especiales en distintas políticas.
Además, la Comisión cuenta con una Unidad Regiones Ultraperiféricas, integrada en la Dirección General de Política Regional (DG REGIO), dependiente actualmente de la comisaria para esta política, Corina Cretu. La misión de esta unidad es la de coordinar las actuaciones en favor de las RUP, vehiculando los contactos con las administraciones nacionales y regionales implicadas. Asimismo, es responsable actualmente de coordinar e impulsar el Grupo Interservicios «Regiones Ultraperiféricas» compuesto por representantes de diferentes direcciones generales de esta institución.