El Consejo, formado por los ministros de los Estados miembros, es un órgano decisorio esencial ya que negocia y adopta, a través del procedimiento legislativo ordinario (codecisión) con el Parlamento Europeo, la legislación de la UE. Además, el Consejo coordina la actuación de los Estados miembros en ámbitos específicos, como por ejemplo las medidas económicas en orden a reforzar la gobernanza económica en la Unión, y supervisa las políticas presupuestarias. Es la institución encargada de adoptar el presupuesto de la UE junto con el Parlamento Europeo. En su seno existe un grupo de trabajo “Regiones Ultraperiféricas” que se reúne para debatir las propuestas de la Comisión Europea que tienen como base jurídica el artículo 349 del TFUE.
Hasta el momento, la implicación de los tres Estados miembros con sus Regiones Ultraperiféricas ha permitido obtener las siguientes menciones a la ultraperiferia en las conclusiones del consejo:
