À la suite du référendum local de 2009, Mayotte est devenue département et région d’outre-mer (DROM) en 2011. Pour obtenir un changement de statut de Mayotte à l’égard de l’Union européenne, une décision 2012/419/UE du Conseil européen, du 11 juillet 2012 est intervenue. Ainsi, et depuis le 1er janvier 2014, Mayotte a cessé de figurer au nombre des pays et territoires d’outre-mer, au sens de l’article 355, paragraphe 2, TFUE, pour devenir une région ultrapériphérique, au sens de l’article 349 TFUE. Le Conseil a procédé à la modification de plusieurs instruments de droit dérivé afin d’appliquer à Mayotte l’acquis du droit de l’Union, en prévoyant des reports des échéances fixées dans ces instruments pour se conformer aux obligations.
Ce sont ces modifications qui sont contestées par le Parlement et la Commission en raison de l’utilisation par le Conseil de l’article 349 TFUE comme base juridique, un choix que les deux institutions estiment erroné.
Par sa décision du 15 décembre 2015, la Cour donne son plein effet à l’article 349 TFUE en consacrant cette disposition comme fondement d’adaptation de l’ensemble du droit de l’Union, c’est-à-dire le droit primaire et le droit dérivé ; l’article 349 TFUE est par ailleurs susceptible de justifier tout type de mesures d’adaptation, c’est-à-dire des mesures permanentes ou temporaires.
Selon la Cour, l’article 349 qui renvoie à la possibilité d’adopter des mesures spécifiques visant en particulier à fixer les conditions de l’application des traités à ces régions, doit être compris comme « couvrant à la fois les conditions relatives à l’application du droit primaire de l’Union et celles relatives à l’application des actes de droit dérivé adoptés sur le fondement de ce droit primaire ». La Cour rappelle que cette interprétation est corroborée par celle qu’elle a donné de l’article 227, paragraphe 2, du traité CE (devenu article 299, paragraphe 2, CE, lui-même devenu article 349 TFUE), dont il ressort que l’autorisation conférée au Conseil par cette disposition pour prévoir des mesures spécifiques visant à répondre aux besoins des territoires d’outre-mer concerne tant les dispositions du traité que celles du droit dérivé.
La Cour va ensuite estimer que le pouvoir décisionnel du Conseil n’est pas restreint à une catégorie particulière de mesures et permet en réalité d’adopter tout type de mesure d’adaptation. Selon la Cour, le terme « mesure » couvre tout type d’action susceptible d’être menée par le Conseil. Il importe de souligner que l’emploi, à l’article 349 TFUE, du terme « en particulier » implique que les auteurs du traité n’ont pas entendu fixer la liste exhaustive des types de mesures qui peuvent être arrêtées sur le fondement de cet article.
Voir l’Arrêt de la Cour de Justice de l’Union Européenne du 15 décembre 2015